Vakuumpumpen bør velges i henhold til vakuumkravene, pumpehastighetskravene og materialegenskapene til frysetørkeren. Ulike typer vakuumpumper har forskjellige ultimate vakuumgrader. For eksempel kan den ultimate vakuumgraden til en roterende vingevakuumpumpe generelt nå 10⁻² - 10⁻³Pa, som er egnet for små frysetørkere som ikke krever spesielt høye vakuumgrader; den ultimate vakuumgraden til en Roots-vakuumpumpe kan nå 10⁻³ - 10⁻⁴Pa, og den kombineres ofte med en roterende vingevakuumpumpe og andre enheter for anledninger med høye krav til vakuum og pumpehastigheter. Pumpehastigheten til vakuumpumpen bør vurderes, og pumpehastigheten bør kunne oppfylle kravene til å pumpe tørkekammeret fra atmosfærisk trykk til den innstilte vakuumgraden innen den angitte tiden. For eksempel, hvis frysetørkekammeret må pumpes fra atmosfærisk trykk til 15 Pa innen en halv time, må en vakuumpumpe med passende pumpehastighet velges. For frysetørking av materialer som inneholder etsende gasser eller mer vanndamp, bør det velges en vakuumpumpe som er{10}korrosjonsbestandig og kan håndtere store mengder vanndamp. For eksempel kan en vakuumpumpe med en gassballastanordning effektivt håndtere vanndamp og forhindre kondens i pumpen. Samtidig må faktorer som driftsstabilitet, vedlikeholdskostnader og støy fra vakuumpumpen også vurderes. Teknisk støtte for Jipu frysetørker.
